พายุ (ชาคริต แย้มนาม) ชายหนุ่มอารมณ์ดี เพียบพร้อมด้วยฐานะทางสังคม ลูกชายคนเดียวของ เมฆา (นพพล โกมารชุน) นักการเมืองน้ำดี ว่าที่อนาคตนายกรัฐมนตรีของประเทศไทย แม้จะกำพร้าแม่แต่เล็กแต่ความรักและความอบอุ่นที่บิดามอบให้ก็สามารถทดแทน ความขาดนั้นได้เป็นอย่างดี ทั้งพายุและเมฆาสนิทสนมและรู้ใจกันมากแม้ว่าเมฆาจะคบหาดูใจอยู่กับ นภา (สินจัย เปล่งพาณิช) พายุก็ไม่ขัดข้องซ้ำยังยินดีในความสัมพันธ์ของคนทั้งคู่

นภาหม้ายสามีตายแพทย์หญิงตำรวจ มือปราบผู้บัญชาการสำนักงานตำรวจหน่วยสืบสวนพิเศษ สาวแกร่งที่มีความเข้มแข็งและมั่นใจในตัวเองสูงมากจนทำให้ ฟ้า (เข็มอัปสร สิริสุขะ) ลูกสาวคนเดียว โทษว่า เป็นชนวนที่ทำให้ อากาศ (ทรงสิทธ์ รุ่งนพคุณ) ผู้เป็นบิดาต้องฆ่าตัวตาย ทำให้ฟ้าแยกตัวไปใช้ชีวิตคนเดียวทันทีที่เรียนจบปริญญาโทด้านคอมพิวเตอร์ โดยยึดอาชีพโปรแกรมเมอร์และแอบเป็นนักแฮกเกอร์มืออาชีพ ทำให้ตัดขาด จากนภาผู้เป็นแม่และโลกภายนอกอย่างสิ้นเชิง

และ แล้วเหตุการณ์ที่พลิกชะตาของพายุและฟ้าก็เกิดขึ้น เมื่อเพื่อนทุกคนของพายุ ถูกฆ่าตายทั้งหมดในงานเลี้ยงฉลองปริญญาโทจากอเมริกาของเขาเอง โดยมีหลักฐานคืออาวุธปืนที่ใช้สังหารอยู่ในมือของพายุ หากแต่เขาปฏิเสธทุกข้อกล่าวหา โดยจำเหตุการณ์ได้เพียงว่าเขาน้อยใจที่ เมฆาผู้เป็นพ่อทำตัวห่างเหิน จึงดื่มหนักมาก และเมามายจนหลับไปไม่ได้สติ กระทั่งตื่นมาพบว่าเพื่อนทุกคนถูกฆ่าตายและเขากลายเป็นฆาตกร ด้านฟ้าก็ถูกจับในข้อหาเป็นแฮกเกอร์เจ้าของเครือข่ายค้ายาเสพติดล่อลวง เยาวชน โดยมีหลักฐานชัดเจนเช่นเดียวกับพายุ จึงนำมาซึ่งความทุกข์อย่างแสนสาหัสแก่เมฆาและนภา ที่ประกาศชัดเจนว่าจะไม่ให้ความช่วยเหลือใดใดแก่ทั้งคู่

แต่ภายใต้เงาของความโชคร้ายก็ยังมีความโชคดีอยู่ เมื่อทั้งพายุและฟ้าได้รอดตายจากการตามฆ่าในวันที่จะส่งมอบตัวทั้งสองเข้า เรือนจำ พายุและฟ้าหนีเข้าไปในชุมชนและได้พบกับ ทอรุ้ง (รัชวิน วงศ์วิริยะ) เด็กสาวกำพร้าก๋ากั่น แต่จิตใจดีงามที่ถูกตามจับโดย หมวดคราม (พศุฒน์ บานแย้ม) ผู้หมวดหนุ่มไฟแรงจากสำนักงานตำรวจหน่วยสืบสวนพิเศษ เพราะเข้าใจว่าเป็นหัวโจกค้ายาในชุมชนแล้วเหตุการณ์ก็พาไปทำให้ทั้งสามได้ หนีไปด้วยกัน ท่ามกลางการตามล่าอย่างเอาเป็นเอาตายแทบพลิกแผ่นดินจาก องค์กร แต่ด้วยความฉลาดและไหวพริบทำให้ทั้งสามเอาตัวรอดไปได้ทุกครั้ง พร้อมกับสายสัมพันธ์ที่ก่อตัวขึ้นในใจระหว่างสองหญิงกับหนึ่งชาย พายุมุ่งมั่นจะเอาชนะใจฟ้าในขณะที่ทอรุ้งต้องกดความรู้สึกที่มีต่อพายุ

ไม่นานทอรุ้งก็คาดคั้นเอากับมือสังหารคนหนึ่งที่จับได้จึงพบความจริงว่า ทำงานให้กับองค์กร ทำให้ พายุและฟ้าตัดสินใจที่จะทวงถามความจริงจากบิดาและมารดา ฟ้าลอบเข้าไปพบนภาก่อน ต่อว่าและตัดพ้อว่าไม่เชื่อใจ นภาใช้โอกาสนี้เรียกกองกำลังตำรวจมาจับฟ้าเป็นเหตุให้ทอรุ้งถูกจับโดยหมวด คราม ส่วนฟ้าหนีรอดไปได้อย่างหวุดหวิด

ด้าน พายุลอบเข้าไปพบเมฆาและได้พบความจริงว่า องค์กร คือกลุ่มคนที่ทรงอิทธิพลในสังคมไทย ครอบงำเศรษฐกิจ และการเมืองภายใต้การดูแลของแกนนำ 4 คน ได้แก่ อรอินทร์ (สรวงสุดา ลาวัลย์ประเสริฐ) , ไอศรูย์ (อนุวัฒน์ นิวาตวงศ์) , ตะวัน (เจสัน ยัง) และอีกคนที่เมฆา ปิดบังไว้คือ เมฆินทร์ น้องชายฝาแฝดของเมฆาทีเขาปิดบังไว้และนำไปรักษาตัวที่สถานบำบัดทางจิตบนเกาะ กลางอ่าวไทย ซึ่งบัดนี้ปลอมตัวมาเป็นเมฆาแล้วยืมมือพายุและฟ้า กำจัดแกนนำทั้งสามคน เพื่อความเป็นใหญ่แต่เพียงผู้เดียวและเขาก็ทำได้สำเร็จ

เมื่อพายุและฟ้าใช้ความรู้ความสามารถทั้งหมด ล้มแกนนำขององค์กรที่ละคน เริ่มต้นที่ ตะวัน อรอินทร์ สุดท้ายคือไอศูนย์ และด้วยการโค่นล้มแกนนำคนสุดท้ายนี่เอง ทำให้ทั้งพายุและฟ้าเมื่อทราบความก็แทบสิ้นสติ เพราะไอศูนย์แฉทุกเรื่องโดยเฉพาะเรื่องที่เมฆินทร์ปลอมตัวมาเป็นเมฆา ฟ้าจึงใช้ความสามารถที่เป็นเลิศด้านเทคโนโลยี สืบหาที่ตั้งของสถานบำบัดจนพบก่อนที่ทั้งฟ้า พายุรวมถึงทอรุ้งและหมวดครามพากันไปช่วยเหลือเมฆา

ทันทีที่เรื่องราวทั้งหมดถูกเปิดโปง เมฆินทร์จึงจับตัวเมฆาไว้ ทั้งสองต่อสู่กันจนแยกไม่ออกว่าใครเป็นใคร จนกระทั่งปืนมาตกอยู่หน้านภา เธอจึงหยิบปืนขึ้นมาแล้วเหนี่ยวไกยิงทันทีอย่างมั่นใจว่าไม่ผิดตัว เพราะเมฆาตัวจริงย่อมไม่ตะโกนบอกให้ยิงเมฆินทร์ เพราะเขาคงทนไม่ได้หากน้องชายฝาแฝดต้องถูกยิงตายไปต่อหน้า

ส่วน เรื่องความรักของสองคู่ สี่หนุ่มสาว ฟ้า , พายุ , หมวดคราม และทอรุ้งจะลงเอยอย่างไรต้องติดตามในละครฟอร์มยักษ์ เหนือเมฆ